Mi buen amigo: es en mi poder su carta fda. 24 de diciembre y la carta-orden que la acompaña de la casa Lavallol e hijos sobre la de Echegaray de esta plaza, en la importancia (sic) de ocho onzas de oro selladas destinadas a mi pasaje y al de mi familia. Como ha dicho Bonald los sentimientos se sienten, no se pintan con palabras; si Vd. hubiera podido verme en ese momento, con mis dos hijitas abrazadas de mi y llorando las tres, tal vez comprendería entonces todo el precio de su bella acción. Dejemos esto al dominio de la conciencia, yo agradezco en primer lugar a Dios y después a mis amigos que no me reniegan en mi infortunio.

 […]. Le agradezco el cuidado que ya toma por mi bagaje y me aprovecharé de su oferta porque juzgo que no nadaré en la abundancia a mi llegada.

He vivido durante tres años y medio entre el insulto y la miseria, entre la resignación cristiana y las compensaciones de consideración social que el mundo da muchas veces sin pedirla por un espíritu de justicia; […] me pongo en las manos de la Providencia y en las de Vd y en las de Mitre, sean mis hermanos, con tanto que yo tenga en qué ganar el pan de mi familia sin ser pesada a nadie y gozando de la consideración y del respeto que son los alimentos del alma.  Rio de Janeiro el 7 de enero de 1859.

En la prensa promociona funciones en su beneficio en el Theatro do Gymnasio Dramático:

Por ser este el último beneficio que cierra mi carrera dramática, espero la protección del ilustrado público de esta corte, de cuya bondad e indulgencia guardaré un eterno recuerdo y la más profunda gratitud.

Y también en beneficio de su hija Eulalia:

quien se despide del público, retirándose con su madre para la tierra natal, donde va a seguir otros destinos. Esta inteligente niña, que tantas veces fue aplaudida por los frecuentadores del Gymnasio, merece la aceptación y el apoyo de todos. El espectáculo consiste en el excelente drama Pedro, la comedia Chiquinha presa y de un monólogo compuesto y recitado por la Señora Joanna de Noronha.

A mediados de año llega con sus hijas a Buenos Aires.

Mármol le presenta a Sarmiento, en ese momento Director del Departamento General de Escuelas. Inmediatamente se comprenden y admiran. Con su apoyo y estímulo, Juana Manso se consagra apasionadamente a la educación.

Sarmiento encuentra en ella una aliada para llevar adelante las reformas educativas que quiere implementar, coinciden plenamente: educación común como base para el desarrollo de la República y fuera de la órbita de la Iglesia; educación de la mujer; promoción de la lectura; aulas, materiales y libros adecuados; renovación de métodos y programas de estudio, creación de leyes, asociaciones; responsabilidad civil y apoyo estatal; formación y jerarquización de la docencia. No temen copiar experiencias o modelos exitosos, combaten la rutina, el aburrimiento y las tradiciones añejas. De convicciones profundas y sentido amor por la Patria, conciben la educación como la herramienta fundamental para igualar  oportunidades, es la base de la República. La escuela es la preparación de la soberanía.

Con Bartolomé Mitre, la nombran directora de la primera Escuela Mixta N°1, en la Parroquia de Monserrat, Calle del Buen Orden 123. Sarmiento escribe en una carta desde Lima en 1865:

Cuando leo á esta distancia sus escritos sobre educacion, inspirados por un sentimiento ardiente de obtener su mejora y difusion, recuerdo el dia en que la poetiza de las márjenes del Plata, la escritora que representa en nuestras letras el pensamiento de nuestro bello sexo, pedia un modesto rincon en la enseñanza pública; y á fin de no dar á la muger instruida y desgraciada con las puertas de la patria en el rostro se lo inventamos Mitre y yo, en la creacion de la Escuela N°1 para ambos sexos.

En su primer informe de la Escuela Mixta a fines de 1859 detalla:

Las familias no se prestan a una mejora radical, y la insistencia del aseo ha sido suficiente a disgustar algunas, aunque en honor de la verdad, la generalidad de las madres se ha penetrado de las incuestionables ventajas que promete un cambio exterior del individuo, siempre que este sea acompañado de una mejora progresiva en los sentimientos y conducta, y sobre este punto, señor, son indecibles mis desvelos, asi como los resultados alcanzados en tan corto espacio de tiempo, sobre criaturitas casi montaraces, sin cultura, sin la mas remota nocion del bien y por el contrario plagados de los defectos mas repugnantes que pueden macular la infancia. Como V, comprende perfectamente; para educar he alcanzado establecer entre mis discípulos, una preponderancia moral, hija del cariño y de la conviccion que solo se les desea su bien: noto generalmente amor por la escuela, y al cerrar la clase el dia 20, han habido niños que han instado para quedar hasta el 24 y ser llama dos antes del dia prefijado por la disposicion superior, a lo que yo he accedido gustosa y llena de placer, porque considero ese deseo de un corazon tierno, como la mejor revelacion de una gran mejoria moral. Yo ruego a V, que en el exámen del progreso material de esta escuela, no pierda de vista la edad de los niños que la componen, y la ignorancia absoluta de toda nocion que los acompañaba al recibirme de la escuela.

Y entro párrafo:

El estudio de idiomas agrada generalmente a los niños, y es admirable la facilidad y buena pronunciación con que han aprendido hasta la 7° lección de Francés y la 6° de Inglés. 

La Escuela Mixta gana un puesto de honor. El 27 de noviembre de 1860, en el acto para la entrega de Premios para los niños, pronuncia un discurso promoviendo la creación de asociaciones parroquiales de beneficencia, Sarmiento lo publica en los Anales de la Educación Común.

Durante seis años y dos meses dirige la Escuela Nº1, desarrollando planes y programas modernos: lecciones orales de gramática y geografía, dibujo,  educación física, música, baile, enseñanza de inglés y francés, elimina los castigos físicos, establece los recreos y  promueve la enseñanza moral no dogmática a través del ejemplo y el amor.  Así define su labor en la Escuela:

Mis ideas sobre la educacion han estado siempre por fortuna mia en oposicion con la manera de conducir y de examinar las escuelas aqui, y digo por fortuna mia, porque tengo á lo ménos el consuelo de verlas confirmadas por los maestros de la ciencia.

Yo atendia á cultivar en el niño la espontaneidad individual, la conciencia del deber, la obediencia al principio de autoridad, la atencion, la observacion, la comparacion, la refleccion. A pesar de no tener libertad y ser responsable de la enseñanza, me ingeniaba en cultivar los sentimientos y desarrollar las facultades intelectuales.

(…) En la Escuela núm.1, en momentos dados al recreo, yo hacia marchar y pequeñas evoluciones que ellos modelaban al compás de sus canciones; por esto fuí criticada y creo que es una de las tremendas acusaciones que pesan sobre mi cabeza; (…)  Qué escándalo! enseñar á bailar los niños si yo hubiese llevado tan lejos mi osadía me acusan de . . . de qué? Dios lo sabe! Lo que es la ignorancia! Decian que solo enseñaba los niños á cantar y marchar! Cuan justificada estaré un dia ante la posteridad.  Anales, Vol. V, 1866.

En dos ocasiones debe costear los gastos de mudanza de la Escuela Mixta con su escaso sueldo. Primero a la calle Estados Unidos 314 y luego a Independencia 307. No recibe apoyo, la hostigan con inspecciones. Las condiciones precarias, la población numerosa, a veces sola al frente de más de cien alumnos, viviendo en un cuarto húmedo de la misma escuela, no logran abatirla: era su oportunidad para poner en práctica y confirmar sus ideas pedagógicas:

La Escuela núm. 1 se habia emancipado en lo posible del grosero empirismo de las demas de su clase, y si bien no podia quebrantar la argolla férrea del Horario y del Reglamento sabia aprovechar las ocasiones para interrumpir la monotonía de la rutina. Cada media hora la cancion ó la marcha al piano, venia á regular el movimiento y expandir el alma. Esto se me criticaba pero yo tenia razon. Anales 1866.

En 1867 publica en los Anales la  Historia de la Escuela Mixta y termina con estas palabras:

Las escuelas deberian ser todas de ambos sexos, no importa la edad. Lo que se precisa son maestros y maestras competentes.

Colabora en los Anales de Educación Común, revista creada por Sarmiento en 1858 para difundir y propagar la educación popular en todo el país.

En 1860 en la fiesta de inauguración de la Escuela Modelo de Buenos Aires, Catedral al Norte, reparte entre los asistentes sus poemas Al propagador de Escuelas, homenaje a Domingo Faustino Sarmiento y Bernardino Rivadavia.

Figura como empleada en la Escuela de Ambos Sexos N°2 en el barrio Piedad, en la calle Victoria 469. No hay  información sobre su actuación en esta escuela.

En 1862 publica el Compendio de la Historia de las Provincias Unidas del Río de la Plata, «Destinado para el uso de las Escuelas de la República Argentina, basado en la Historia de Belgrano y de la Independencia Argentina del Gral. Bartolomé Mitre y en el Ensayo Histórico del Deán Funes. En la siguiente edición la obra llega hasta 1874. En 1881 hay una nueva edición a cargo de sus hijas. Es el primer Manual de Historia Argentina para escuelas. La obra la dedica a Bartolomé Mitre, que apoya y promueve su impresión y distribución. Luego de sortear muchas dificultades es aprobado por el Consejo de Profesores del Colegio Nacional de Buenos Aires en 1863 y por el Consejo de Instrucción Pública de la Pcia. de Buenos Aires en 1869.

Escribe en 1863 a Sarmiento, entonces Gobernador en San Juan:

La publicación del Compendio, me ha conquistado el odio del Sr. Inspector, y el departamento se halla en serios embarazos para dictaminar en el expediente de adopción; esto a pesar de la carta del General Mitre, y de haberse subscripto el gobierno por quinientos ejemplares.

Juana está sola para defender las reformas y rechazar los ataques:

Decía Ud. en uno de sus poéticos artículos sobre la educación, que los maestros de Escuela éramos «los obscuros obreros del porvenir» y yo le aseguro que apenas somos unos autómatas relegados en los últimos círculos del purgatorio social!

El edificio se derrumba; todos se interesan por las escuelas, aman de veras la educación pero es necesario la energía de una alma como la suya, y una cabeza como la suya para llevar a cabo esta grande obra de colocar el edificio de la instrucción, sobre bases sólidas e inconmovibles. Carta a Sarmiento, 1863.

En 1864 funda La Flor del Aire, periódico literario ilustrado dedicado al bello sexo, junto con Lope del Río su Director. Recientes estudios (Marina L. Guidotti) ponen en duda la participación de Eduarda Mansilla con el seudónimo Daniel ya que se encontraba fuera del país para poder realizar las críticas de las obras teatrales en cartel.  Juana escribe con el seudónimo Dolores, y se encarga de la sección de «Modas» y una sección de noticias biográficas e históricas sobre Mujeres ilustres de América del Sud. En él rescata la vida de mujeres que lucharon por la independencia y libertad, como Encarnación Sanguinet de Varela:

Antes de todo, es preciso entendernos sobre un punto capital. Nosotros no contamos las Sevigné, las Cottin, las Genlis, las Stael, las Roland, las Girardin por docenas; en la esfera del pensamiento y de la ciencia, no busqueis la muger en la América del Sud. Nuestra sociedad, ó antes la preocupacion añeja, la costumbre rancia, ha multiplicado la muger no cultivando su inteligencia. […] No espereis pues, lectoras, que os vaya á desentrañar por ahí mugeres filósofos, poetisas, políticas, diplomáticas, artistas, etc. No tenemos pues, sino como escepcion, alguna poetisa, perdida entre las sombras del arcano; nuestras mugeres ilustres son madres, esposas, hijas ó amantes; es decir, la muger sentimental, que por la sola riqueza de su organizacion se ha mostrado superior á la vulgaridad.

Publica el drama La Revolución de mayo de 1810 en la Imprenta de Mayo.

Pronuncia un discurso en la apertura del Círculo Literario fundado por Lucio V. Mansilla y José Manuel Estrada. La asociación concretaría el anhelo de quienes habían sufrido los años de marginación y exilio, retomando el sueño del Salón Literario.

Crea el periódico La Siempre-viva, continuación de La Flor del Aire. La prédica por la emancipación de la mujer y su educación ocupan gran parte de las páginas, también continúa la sección Mujeres ilustres de la América del Sud, la primera figura que se estudia es la de Luisa Díaz Vélez de Lamadrid. Escribe en el periódico:
«No vengo sólo a contraerme a sostener el órgano de la Moda que es la cultura exterior, sino a crear un órgano de los intereses morales e intelectuales de la mujer, que la instruya en su verdadero destino, la consuele en sus secretas penas y armonice sus tareas domésticas.»

Colabora en diversas publicaciones. Es socia fundadora honoraria de La Revista de Buenos Aires.

Se cartea con Sarmiento, en ese momento ministro plenipotenciario de la Argentina en los EE.UU. Es su corresponsal, él la suscribe a periódicos educacionales del país.

Escribe el artículo La escuela de Flores, en el que defiende su postura crítica a los gobiernos por no destinar fondos suficientes para la educación y el deterioro que conlleva. Sarmiento le escribe desde Lima en 1865:

Escriba, combata, resista. Ajite las olas de ese mar muerto, cuya superficie tiende á endurecerse con la costra de impurezas que se escapan de su fondo. La colonia española, la tradicion de Rosas, vacas, vacas, vacas. Hombres, pueblo, nacion, república, porvenir. Todo está en los bancos humildes de la escuela. Trabaje y el pueblo le ayudará.

Desde 1865 hasta su muerte, en 1875, dirige la Revista Anales de la Educación Común en su Segunda Época. Siguiendo un método de seminario infiltra el espíritu de la escuela norteamericana, presentándola por sus obras, sus doctrinas y sus hombres más preeminentes: Horace Mann, Norman A. Calkins, E. E. White, Wikersham, John Lalor, F. Lieber, entre otros.

En editoriales, prólogos, informes, conferencias, cartas y ensayos plasma su visión política, social  y espiritual de la educación. Con pluma mordaz y franqueza inusual denuncia los males que anidan en el pueblo y sus gobernantes: desidia, individualismo, pereza, hipocresía, vanidad, materialismo; cree que esta ignorancia solo podrá ser combatida con educación, pero una educación que contemple la naturaleza material y espiritual del hombre y su sentido de propósito individual y colectivo.

Centenares de futuras generaciones vendrán á educarse por la huella luminosa que vienen dejando los Anales, escribe en uno de sus números en 1866.

En 1865 renuncia al cargo de Directora de la Escuela Mixta Nº1 porque la obligan a despedir a sus alumnos varones:

Tengo y tendré siempre presente ese triste momento, llamados por lista los alumnos se formaron en ala á la derecha de la tribuna donde se sentó el Sr. Estrada. Treinta y dos niños varones, mucha parte seccion primera, se les notificó la órden de pasar á otra escuela. Un silencio glacial reinaba en el salon donde habia noventa alumnos (96 era el personal de la escuela.) Tuve un momento de honda afliccion, y de intima gloria al ver la manera como mis pobrecitos alumnos recibieron la noticia de su expulsion, de mi lado; entónces pude medir que grande era mi obra y cuanto habia conseguido en bien de aquellas almas que yo dirigia para el bien. Cuando el Sr. Estrada les significó que iban á pasar á otra escuela, los niños bajaron la cabecita y lágrimas silenciosas cuanto amargas fué su respuesta. Dirigiles entónces la palabra, ó mas bien intenté dirigirsela, pero el llanto la anudó en mi garganta y fuí abrazando uno por uno aquellos pobrecitos que la fuerza ciega y bruta arrebataba de mi lado. Por algunos minutos solo se oyeron sollozos comprimidos y dolorosos, el Sr. Inspector Estrada pagó su tributo y no pudo resistir al peligroso contagio de tan sincera afliccion—lloró! Mi escuela era una familia, de modo que aquella fué la separacion de los hijos y de la madre… Conozco demasiado á fondo las cosas y los hombres de mi país para no comprender la persecucion en el fondo de aquella estúpida medida que deshacia una Escuela por el solo placer de deshacer la obra de otro. Supe todo lo que habia pasado en las demas escuelas, y supe que la Escuela predilecta habia salvado á poca costa; el sacrificio se habia limitado á la mia y otras tan pobres y sin protecciones como yo. Anales, 1867.

Escribe el poema Tributo a Abran Lincoln por el asesinato del héroe. Se lo envía a Sarmiento. Al año siguiente éste lo agrega en la segunda edición de su Vida de Lincoln y solicita al poeta Langfellow que realice una traducción de sus versos:

             Muda de espanto el alma dolorida

             Tu destino contempla con pavor,

             Te asesinó la rebelión vencida

             De su furia en el último estertor!

             Tu sangre apagó al fin la esclavitud

             Del código inmoral de tu nación!

             Te llora a sus designios la virtud

             La democracia pierde su campeón!

             Se inclina ante tu polvo, reverente

             América, mas no –la humanidad

             Luto viste, uno y otro continente

             De ambos mundos –el alma libertad!

             Vengar las afrentosas tropelías

             A la ley natural fue tu misión

             Porque en tu rectitud no comprendías

             Un pacto entre el derecho y la ambición!

             Dejas a las naciones por ejemplo

             Como alto funcionario tu carrera,

             Tu sepulcro de mártir para templo,

             Tu palabra de apóstol por lumbrera!

             Dejas libre una raza conculcada

             De una guerra titánica la gloria

             La iniquidad de siglos estirpada,

            Triunfante la moral –pura la historia.

            Mi voz humilde, débil y doliente

            Traspasan con la daga de Caín.                                                        Buenos Aires, 27 de mayo de 1865

Entabla amistad con el Reverendo Willermo D. Junor, director del Colegio inglés donde dicta clases. Conmovida por la sincera espiritualidad del pastor y su renovada visión del cristianismo se convierte a la fe anglicana, hecho que aumenta los hostigamientos que recibe de católicos fanáticos.

Publica en los Anales una gramática,  Dedicado a la juventud de Ambos Sexos de la República Argentina:  Primeras Lecciones de composición. Βajo las reglas gramaticales con numerosos ejercicios. Imitado de Quackenbos.
Traduce del francés y publica en Anales La Educación Popular en el siglo XIX por Eduardo Laveleye.
Sarmiento publica artículos de Juana en el periódico Ambas Américas.
Su discurso para la inauguración de la Escuela de Artes y Oficios, genera polémica y se difunde en la prensa, publica descargos en La Tribuna.